Toutes les associations MSF, qu’elles soient nationales, régionales ou internationale, sont présidées par un président, que le conseil d'administration élit généralement parmi ses membres. Tous les membres du conseil d’administration sont élus à ce conseil par les membres de l’association, durant l’Assemblée générale annuelle.
Chaque association possède ses propres statuts et son règlement interne. Ces textes précisent, entre autres, le rôle, la durée du mandat et la mission du président. De manière générale, le président préside le conseil d’administration, est responsable du bon fonctionnement de l’association et de la mise en œuvre des décisions prises par le conseil d'administration et l'Assemblée générale, et représente l'association à l'extérieur. Le plus souvent, le président est issu du monde médical.
Certains présidents consacrent tout leur temps à MSF, tandis que d’autres conservent une activité professionnelle à temps plein ou à temps partiel en dehors de l'association. Ils reçoivent parfois une indemnisation pour le temps qu’ils consacrent à MSF.
Le Président international de MSF est élu par l’Assemblée générale internationale pour un mandat de trois ans, renouvelable une fois.
Le Président international préside à la fois l’Assemblée générale internationale et le Conseil d'administration international, et représente MSF International à l’extérieur. Le docteur Joanne Liu est l’actuelle Présidente internationale.
Les présidents des associations

Agnes Musonda
MSF Afrique australe
Volker Westerbarkey
MSF Allemagne
Germán Casas
MSF Amérique latinePrésident

Sunita Abraham
MSF Association régionale de l'Asie du SudStewart Condon
MSF Australie
Margaretha Maleh
MSF AutrichePrésidente

Bertrand Draguez
MSF Belgique
Julia Bartsch
MSF BrésilPrésidente

Wendy Lai
MSF CanadaPrésidente

Heidi Christensen
MSF Danemark
Teresa Bonyo
MSF East Africa Association
David Noguera
MSF Espagne
John Lawrence
MSF Etats-Unis
Mégo Terzian
MSF France
Christos Christou
MSF Grèce
Marit van Lenthe
MSF Hollande
Morpheus Causing
MSF Hong Kong
Claudia Lodesani
MSF Italie
Hiroyuki Kato
MSF Japon
Guy Berchem
MSF LuxembourgPrésident

Karine Nordstrand
MSF Norvège
Javid Abdelmoneim
MSF Royaume-Uni
Katrin Kisswani
MSF Suède