Toutes les associations Médecins Sans Frontières (MSF) fonctionnent selon un principe directeur: un conseil d'administration élu est chargé de définir l'orientation générale des activités de l'association, d’assurer le rendu de compte et le respect de la Charte et des valeurs de MSF, et, dans certains cas, de superviser un exécutif.
Le conseil d'administration est élu de manière directe ou indirecte par les membres de l'association, qui sont tous d'actuels ou anciens volontaires ou employés de MSF, au cours de l'Assemblée générale annuelle. La plupart des membres du conseil d'administration sont issus du monde médical, ce qui garantit que la perspective médicale demeure l’axe central du travail de MSF.